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BD2K-LINCSデータ調整および統合センターによる大規模データ科学

説明

Library of Integrative Network-based Cellular Signatures(LINCS)は、NIH Common Fundプログラムです。 アイデアは、次のようなさまざまな種類の摂動でさまざまな種類のヒト細胞を摂動させることです。 単一遺伝子のノックダウンまたは過剰発現などの遺伝子操作; 細胞外微小環境条件の操作、たとえば、さまざまな表面での細胞の成長など。 これらの摂動は、ニューロンや心筋細胞などのさまざまな系統に分化した、患者からの人工多能性幹細胞を含むさまざまな種類のヒト細胞に適用されます。 次に、これらの摂動の影響を受ける分子ネットワークをよりよく理解するために、mRNA、タンパク質、代謝産物、細胞形態の変化などの細胞表現型の変化など、さまざまな変数のレベルの変化を測定します。 BD2K-LINCSデータ調整および統合センター(DCIC)は、このデータの整理、分析、視覚化、および他の公に利用可能な関連リソースとの統合を委託されています。 このコースでは、DCICおよびLINCSのデータを収集するさまざまなセンターを簡単に紹介します。 次に、メタデータと、メタデータがオントロジーにリンクされる方法について説明します。 次に、LINCSデータをクリーンアップして調和させるデータ処理と正規化の方法を紹介します。 これは、データがRESTful APIとして提供される方法についての議論に従います。 最も重要なこととして、このコースでは、データのクラスタリング、遺伝子セットのエンリッチメント分析、インタラクティブなデータの視覚化、教師あり学習などの計算手法を扱います。 最後に、クラウドソーシング/市民科学プロジェクトを紹介します。学生はチームで協力して、パブリックデータベースから式のシグネチャを抽出し、LINCSデータに対してそのようなシグネチャのコレクションをクエリして、潜在的な治療法としての小分子を予測します。

価格:無料で登録!

言語: 英語

字幕: 英語

BD2K-LINCSデータ調整および統合センターによる大規模データ科学 –マウントサイナイ医科大学