BD2K-LINCS データ調整および統合センターによるビッグデータサイエンス

説明

Library of Integrative Network-based Cellular Signatures (LINCS) は、NIH 共通基金プログラムです。このアイデアは、さまざまな種類の人間の細胞を、次のようなさまざまな種類の摂動で摂動させることです。単一遺伝子のノックダウンや過剰発現などの遺伝子操作。細胞外微小環境条件の操作、たとえば、異なる表面での細胞の増殖など。これらの摂動は、患者由来の人工多能性幹細胞を含むさまざまな種類のヒト細胞に適用され、ニューロンや心筋細胞などのさまざまな系統に分化します。次に、これらの摂動によって影響を受ける分子ネットワークをより深く理解するために、mRNA、タンパク質、代謝産物、細胞形態の変化などの細胞表現型の変化など、さまざまな変数のレベルの変化が測定されます。 BD2K-LINCS データ調整および統合センター (DCIC) は、このデータを整理、分析、視覚化し、他の公開されている関連リソースと統合するよう委託されています。このコースでは、DCIC と LINCS のデータを収集するさまざまなセンターについて簡単に紹介します。次に、メタデータと、メタデータがオントロジーにどのようにリンクされるかについて説明します。次に、LINCS データをクリーンにして調和させるためのデータ処理と正規化の方法を紹介します。これは、データが RESTful API として提供される方法についての説明に続きます。最も重要なのは、このコースでは、データクラスタリング、遺伝子セットエンリッチメント分析、インタラクティブなデータ視覚化、教師あり学習などの計算手法をカバーしていることです。最後に、クラウドソーシング/市民科学プロジェクトを紹介します。このプロジェクトでは、学生がチームで協力して公共データベースから発現シグネチャを抽出し、そのようなシグネチャのコレクションを LINCS データに対してクエリして、潜在的な治療薬としての小分子を予測できます。