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DNAおよびタンパク質の突然変異を見つける(バイオインフォマティクスVI)

説明

スペシャライゼーションの以前のコースでは、ゲノムのシーケンスと比較の方法について説明しました。 このコースでは、DNAおよびタンパク質内に潜む変異を見つけるための高度なトピックを扱います。

コースの前半では、個人のゲノムが種の「参照ゲノム」とどのように異なるかを尋ねたいと思います。 私たちの目標は、個人からDNAの小さな断片を取り出し、それらを参照ゲノムに「マッピング」することです。 この問題を解決する組み合わせパターンマッチングアルゴリズムがエレガントで非常に効率的であり、驚くほど少量のランタイムとメモリを必要とすることがわかります。

コースの後半では、既知の機能を備えた類似のタンパク質と比較して、あまり認識されなくなった多くの変異によって攻撃された場合でも、タンパク質の機能を識別する方法を学びます。 これは、たとえばHIV研究の場合に当てはまります。なぜなら、ウイルスはしばしば非常に急速に変異するため、研究者はそれを研究するのに苦労することができるからです。 ここで使用するアプローチは、隠れマルコフモデルと呼ばれる強力な機械学習ツールに基づいています。

最後に、隠れたマルコフモデルを適用する一般的なバイオインフォマティクスソフトウェアツールを適用して、タンパク質を関連するファミリーのタンパク質と比較する方法を学びます。

価格:無料で登録!

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DNAおよびタンパク質の突然変異を見つける(バイオインフォマティクスVI) –カリフォルニア大学サンディエゴ校