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遺伝子、タンパク質、ゲノムの比較 (バイオインフォマティクス III)

説明

前のコースでゲノムの配列を決定したら、それらを比較して、種がどのように進化してきたのか、何が異なるのかを判断したいと思います。

コースの前半では、遺伝子 (つまり、DNA の短い配列) やタンパク質などの XNUMX つの短い生物学的配列を比較します。 私たちは、XNUMX つの遺伝子/タンパク質を分離した突然変異の数を決定するのに役立つ、動的プログラミングと呼ばれる強力なアルゴリズム ツールに遭遇します。

コースの後半では、「ズームアウト」してゲノム全体を比較します。そこでは、ゲノム再構成と呼ばれる大規模な突然変異、数百万年の進化の中で DNA の大きなブロックの周りをうねり続けた地震現象が見られます。 ヒトとマウスのゲノムを見ると、私たちは自問します。地震が断層線に沿って発生する可能性がはるかに高いのと同じように、ゲノムの中に「脆弱」で、ゲノム再構成の一部として破壊されやすい場所はあるのでしょうか? 組み合わせアルゴリズムがこの質問の答えにどのように役立つかを見ていきます。

最後に、BLAST などの一般的なバイオインフォマティクス ソフトウェア ツールを適用して配列アライメントの問題を解決する方法を学びます。

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