説明
過去 15 年間は植物生物学において刺激的な年でした。 数百の植物ゲノムが配列決定され、RNA-seq によりトランスクリプトーム全体の発現プロファイリングが可能になり、「-seq」ベースの手法の普及により、タンパク質間相互作用およびタンパク質-DNA 相互作用を安価かつハイスループットで決定できるようになりました。やり方。 これらのデータセットを使用すると、マウスをクリックするだけで仮説を生成できます。 たとえば、遺伝子がいつどこで発現するかを知ることは、「通常の」増殖条件下では遺伝子変異体の表現型が見つからない場合に、表現型の検索範囲を絞り込むのに役立ちます。 共発現解析と関連ネットワークにより、目的の生物学的プロセスに関与する高品質の候補遺伝子が提供されます。 Gene Ontology エンリッチメント分析および経路可視化ツールを使用すると、私たち自身のオミクス実験を理解し、「対象の変異体でどのプロセス/経路が混乱しているのか?」という質問に答えることができます。
構成: 6 週間の各ハンズオン モジュールは、約 2 分のイントロ、約 20 分の理論ミニ講義、1.5 時間のハンズオン ラボ、ラボで問題が発生した場合のオプションの約 20 分のラボ ディスカッションで構成されます。約 2 分の要約。
対象となるツール:
モジュール 1: ゲノミック DB / 事前計算された遺伝子ツリー / タンパク質ツール。 アラポート、TAIR、グラメン、EnsemblPlants Compara、PLAZA; SUBA4 および Cell eFP ブラウザ、1001 Genome ブラウザ
モジュール 2: 表現ツール。 eFP ブラウザ / eFP-Seq ブラウザ、Araport、Genevestigator、TravaDB、シロイヌナズナ以外の多くの植物種の RNA-seq データを探索するための NCBI ゲノム データ ビューア、低分子 RNA 用の MPSS データベース
モジュール 3: 共表現ツール。 ATTED II、Expression Angler、AraNet、AtCAST2
モジュール 4: プロモーターの分析。 シストーム、アテナ、ePlant
モジュール 5: GO エンリッチメント分析とパスウェイの視覚化。 AgriGO、AmiGO、Classification SuperViewer、TAIR、g:profiler、AraCyc、MapMan (オプション: Plant Reactome)
モジュール 6: ネットワークの探索。 シロイヌナズナ インタラクション ビューアー 2、ePlant、TF2Network、Virtual Plant、GeneMANIA
【2019年XNUMX月資料更新】
価格：無料で登録！
言語： 英語
字幕: 英語