植物バイオインフォマティクス大学ネットワーク

説明

過去 15 年間は植物生物学において刺激的な年でした。数百の植物ゲノムが配列決定され、RNA-seq によりトランスクリプトーム全体の発現プロファイリングが可能になり、「-seq」ベースの手法の普及により、タンパク質間相互作用およびタンパク質-DNA 相互作用を安価かつハイスループットで決定できるようになりました。やり方。これらのデータセットを使用すると、マウスをクリックするか指でタップするだけで仮説を生成できます。

Coursera.org の Plant Bioinformatics では、ゲノムブラウザからトランスクリプトームデータマイニング、プロモーター/ネットワーク分析などに至る 33 の植物固有のオンラインツールを取り上げました。この Plant Bioinformatics Capstone では、これらのツールを使用して、植物の生物学的役割を仮説化します。機能不明の遺伝子を研究報告書にまとめたもの。

このコースは、Coursera の植物バイオインフォマティクススペシャライゼーションの一部であり、NCBI の Genbank、Blast、複数配列アラインメント、バイオインフォマティクスメソッド I の系統発生学、その後のタンパク質間相互作用、構造バイオインフォマティクス、RNA シーケンスなどのコアバイオインフォマティクスコンピテンシーとリソースを紹介します。植物バイオインフォマティクスおよび植物バイオインフォマティクスキャップストーンで紹介された植物固有の概念とツールに加えて、バイオインフォマティクスメソッド II での分析も可能です。

このコース/キャップストーンは、トロント大学の文科学学部オープンコースイニシアチブ基金 (OCIF) からの資金提供を受けて開発され、エディ・エステバン、ウィル・ヘイコープ、ニコラス・プロヴァートによって実施されました。 Asher Pasha は遺伝子 ID ランダマイザーをプログラムしました。