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細菌ゲノムの全ゲノム配列決定–ツールとアプリケーション

説明

このコースでは、医療セクターにますます関連するバクテリアゲノムの全ゲノムシーケンス(WGS)のトピックについて説明します。 古典的な手法がWGSテクノロジに置き換えられているため、WGSテクノロジとアプリケーションは国際的な政治的課題で高く、この分野で働く人々がデータを分析して解釈可能な結果を​​得ることができるようにするバイオインフォマティクスツールは非常に重要ですさまざまな目的で使用されます。 このコースは、種の識別、抗菌剤耐性と病原性の特性のタイピングと特徴付け、プラスミドの特徴付けなど、細菌の監視におけるWGSアプリケーションを理解し、知るための基礎を学習者に提供します。 また、オンラインツールについて学習する機会と、これらのツールのいくつかを使用する方法のデモンストレーションおよび無料で利用できるWGS分析ツールを使用して学習者が解く演習を通じて、それらが何に使用できるかを学習者に提供します。

このコースを修了すると、次のことができるようになります。

1.細菌の分類における一般原則を説明する
2.細菌病原体の監視および抗菌薬耐性に対する全ゲノム配列決定の応用例を挙げてください
3.サブタイピングと監視にゲノムツールを適用する
4.次世代シーケンスの概念を定義し、NGSからのシーケンスデータについて説明する
5.生の読み取りからコンティグへのde novoアセンブリの方法を説明する
6.種同定、MLSTタイピング、耐性遺伝子検出のためのツールの背後にある方法を列挙する
7.種の同定、MLSTタイピング、耐性遺伝子検出のためのツールを、他の細菌および病原体ゲノムの実際のケースに適用します。
8.サルモネラと大腸菌のタイピング、プラスミドレプリコン検出、プラスミドタイピングのためのツールの背後にある方法を説明する
9.他の細菌および病原体ゲノムの実際のケースでは、サルモネラ菌および大腸菌のタイピング、プラスミドレプリコン検出、プラスミドタイピングのためのツールを利用します。
10.概念を説明し、統合細菌分析パイプラインを使用してバッチ分析とゲノムデータのタイピングを行えるようにする
11. SNPに基づいて系統樹を構築する方法を示す
12.系統発生ツールを適用して系統樹を構築し、細菌または病原菌株の関連性を説明する
13.独自のシーケンスデータベースを作成する方法を説明する
14. MyDbFinderツールを利用して、全ゲノムシーケンスから目的の遺伝子マーカーを検出する

価格:無料で登録!

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細菌ゲノムの全ゲノム配列決定–ツールとアプリケーション –デンマーク工科大学(DTU)